Eftersom filsystemet i Windows NT (NTFS) ger säkrare filåterställning efter strömavbrott eller systemfel rekommenderas detta filsystem för MSMQ-servrar. Genom att ha tre eller flera diskar formaterade med NTFS kan du använda Windows NT Server-programvaran RAID:s stöd (RAID = redundant array of inexpensive disks) av feltolerans.