Meddelandegenomströmningen begränsas av den maskinvara som används. Processorkraft, tillgängligt minne och nätverkskapacitet är de tre faktorer som påverkar genomströmningen mest. Antalet meddelanden som en MSMQ-oberoende klient kan lagra samtidigt begränsas av dels tillgängligt diskutrymme på den lokala datorn, dels av kod- och datautrymmet som det operativsystem som MSMQ körs under.
Under Windows 95 kan MSMQ-oberoende klienter lagra nästan 1 gigabyte (GB) med meddelanden. De kan lagra 1 GB med meddelanden minus det minne som krävs för administrationen av meddelandelagringen och det minne andra program använder.
Under version 4.0 av Windows NT Workstation eller Windows NT Server, kan MSMQ-oberoende klienter lagra nästan 2 GB meddelanden (egentligen 2 GB minus 20 MB).
På alla plattformar gäller att varje MSMQ-meddelande kan innehålla maximalt 4 MB med data.
För MSMQ-servrar som stöder flera MSMQ-beroende klienter gäller denna begränsning för servern och inte för enstaka klienter. En MSMQ-server som stöder tre beroende klienter kan alltså ha meddelanden på mer än sammanlagt 1,98 GB för de tre beroende klienterna.