Medan köinformation lagras i MQIS, lagras meddelanden i minnesavbildade filer (.mq-filer) på hårddisken på den server som skickar eller tar emot,eller på den mottagande servern eller på den mellanliggande MSMQ-routing-serverns hårddisk. MSMQ tilldelar diskutrymme både för expressmeddelanden och rekonstruerbara meddelanden i 4 MB-filer, efter behov. För varje rekonstruerbart meddelande överförs skrivoperationen till disk, så att data kan återskapas. För expressmeddelanden skrivs minnesavbildade filer till disk bara när datorn inte har tillräckligt med resurser för att spara filen i minnet.
De minnesavbildade filerna skapas på den dator som skickar meddelandet. När meddelandena vidarebefordras av mellanliggande "lagra-och-vidarebefordra"-servrar, sparas de också på dessa servrar i minnesavbildade filer. Om käll- eller måljournaler används behålls den minnesavbildade filern på avsändar- eller mottagardatorerna. På MSMQ-servrar lagras alla meddelanden för de MSMQ-beroende klienter som de stöder.
Minnesavbildade filer kan lagras på alla filsystem som stöds av det underliggande operativsystemet. Windows NT File System (NTFS) ger dock bättre säkerhet än andra filsystem och rekommenderas därför för MSMQ-servrar.