I MSMQ hör alla organisationer som kör MSMQ till samma företagsnätverk och kommer åt information från samma distribuerade databas, MQIS-databasen. För att göra administrationen så enkel som möjligt och ge kompatibilitet med framtida versioner av Windows NT Server, bör du inte installera mer än ett företagsnätverk inom organisationen. Frågor som rör säkerhet och hur olika grupper inom organisationen ska kunna använda MSMQ kan hanteras med säkerhetsfunktionerna i MSMQ.
Om du ändå vill ha flera MSMQ-företagsnätverk inom organisationen, eller vill utbyta MSMQ-meddelanden med en annan organisation (till exempel över Internet) kan du mycket väl göra detta. Information om hur du skickar meddelanden mellan företagsnätverk finns i MSMQ SDK.